Η Πρεσβεία ιδρύθηκε τον Απρίλιο του 1999, πριν από την έναρξη - τον Ιούλιο του ίδιου έτους - της Φινλανδικής Προεδρίας του Συμβουλίου της Ευρωπαϊκής Ένωσης, τα αποτελέσματα της οποίας υπήρξαν καθοριστικά για το ξεκλείδωμα της πορείας της Κύπρου προς την πλήρη ένταξη στην ΕΕ (κάτι που επιτεύχθηκε τελικά το 2004).
Εκτός από τη Φινλανδία, η Πρεσβεία καλύπτει επίσης την Εσθονία και η κύρια αποστολή της είναι να προάγει, να διευρύνει και να εμβαθύνει τους διμερείς δεσμούς και σχέσεις και να προωθήσει τις ανταλλαγές και τη συνεργασία σε όλα τα επίπεδα, συμπεριλαμβανομένων του διμερούς και του διεθνούς αλλά και εντός της ΕΕ, μεταξύ της Κύπρου και αμφοτέρων των χωρών διαπίστευσης.
Το Προξενικό Τμήμα της Πρεσβείας προσφέρει ένα ευρύ φάσμα υπηρεσιών, τόσο σε Κύπριους πολίτες όσο και στο ευρύ κοινό.
Τα γραφεία της Πρεσβείας βρίσκονται στις ίδιες εγκαταστάσεις στο κέντρο του Ελσίνκι, στην οδό Bulevardi 5, από την ίδρυση της Πρεσβείας.
Πριν τη λειτουργία της Πρεσβείας στο Ελσίνκι, η Κύπρος κάλυπτε διπλωματικά τόσο τη Φινλανδία όσο και την Εσθονία από την Πρεσβεία της στη Στοκχόλμη, η οποία προϋπήρχε.
Πρώτος Πρέσβης της Κύπρου με έδρα το Ελσίνκι ήταν ο Λεωνίδας Σ. Μαρκίδης, ο οποίος επέδωσε τα Διαπιστευτήριά του στον τότε Πρόεδρο Martti Ahtisaari στις 12 Απριλίου 1999.
Έκτοτε, οι ακόλουθοι διπλωμάτες υπηρέτησαν στην Πρεσβεία ως Αρχηγοί Αποστολής/Πρέσβεις: